I write specialized data structure software for bioinformatics. I use AI to help with this on a daily basis, and find that it speeds up my coding by quite a bit. But it’s not a 10x efficiency boost like some people are experiencing. I’ve been wondering why that is. Of course, it could be just […]
Attacking the greedy superstring conjecture with AI
In 1988, Finnish computer scientists Esko Ukkonen and Jorma Tarhio conjectured that the simple greedy algorithm for shortest common superstring has a worst-case approximation ratio of 2. Amazingly, the problem is still open almost 40 years later, despite substantial efforts and partial results by many authors (see e.g. https://arxiv.org/abs/2407.20422v1 for a survey of what is […]
Thoughts on FrontierMath
FrontierMath is the current end boss of math problems for AI. The problems are organized into four tiers. Tier 1 is supposed to be roughly equivalent to international mathematics olympiad problems (i.e. really hard, can take hours to solve or sometimes stump even the very top young math talent), and tier 4 is supposed to […]
Suomen valtion ja poliitikkojen viestintä ei kuulu X:ään
Tunnustan, minulla on tili X:ssä (Twitterissä). Ennen kuin Elon Musk osti palvelun, se oli bioinformatiikan tutkijana hyvä kanava pysyä ajan hermoilla uusista artikkeleista, ja kertoa omistani. Muskin haltuunoton jälkeen alamäki on ollut jyrkkä, ja useimmat kollegat ovat jättäneet palvelun kokonaan. Fiidiä dominoi nyt Trumpin mahtailut, Muskin meemeilyt ja Amerikan yleinen roskispalo. Konservatiivisten- ja oikeistomielipiteiden osuus […]
Osa 2: Helsingin Vihreiden ja Vasemmistoliiton eroista kuntavaaleissa 2025
Vihreät on Kokoomuksen puisto-osasto? Vasemmistoliitto ja Vihreät ovat melkein sama puolue? Piirsin kuvaajia havainnollistamaan Helsingin Kuntavaaliehdokkaiden 2025 samankaltaisuuksia Ylen Vaalikoneessa. Kuvissa Vasemmistoliiton ehdokkaat ovat punaisella, Vihreiden vihreällä ja Kokoomuksen sinisellä. Tekniset tiedot käytetyistä menetelmistä löytyvät postauksen lopusta. Vasemmistoliitto vastaan Vihreät Kuvaa saa isommaksi klikkaamalla sitä. Karkeasti ottaen, kaksi ehdokasta ovat sitä erilaisempia mitä korkeammalla heidät […]
Helsingin Vihreiden ja Vasemmistoliiton eroista kuntavaaleissa 2025
Latasin Ylen vaalikoneen julkisen rajapinnan kautta kaikki Helsingin Vihreiden ja Vasemmistoliiton kuntavaaliehdokkaiden vastaukset. Tämä data sisältää 120 Vihreiden ehdokasta ja 115 Vasemmistoliiton ehdokasta. Allaolevassa kuvassa on kaikkien ehdokkaiden kaikki vastaukset (klikkaa kuvaa isommaksi). Jokaisessa kysymyksessä on neljä vastausvaihtoehtoa, jotka ovat kuvan sarakkeissa vasemmalta oikealle: täysin eri mieltä, jokseenkin eri mieltä, jokseenkin samaa mieltä ja täysin […]
Lessons from studying Go with AI
I used to play a lot of Go around 2010-2016. I am not a very strong player however. My European rating is 2 kyu, which corresponds to a somewhat average club player in Finland. I remember that studying Go used to be difficult because there were no good computer programs to learn from. If you […]
Oura ring first impressions
My Oura ring arrived in the mail today. In this post I write about my first impressions with the ring. For those unfamiliar with Oura, it’s a piece of wearable electronics that costs about 300 euros and tracks things like your heart rate, body temperature and steps walked. You can view your statistics by using […]
Intuition on Polynomial Running Times
The quadratic function $f(n) = n^2$ is a common growth rate in computer science. How does it grow, intuitively? I’ve found it useful to think about the function in terms of what happens when you double the size of the input $n$. In the case of the quadratic function, doubling the input size always multiples […]
Predicting nucleotides in the E. coli genome
In this post I model the reference sequence U00096.3 of Escherichia coli strain K-12 using Markov models and simple neural networks. The goal is to try predict to the nucleotide in some position of the genome, given some number of preceding nucleotides as a context. Let’s start with some basic statistics. There are 4.6 million […]