Tunnustan, minulla on tili X:ssä (Twitterissä). Ennen kuin Elon Musk osti palvelun, se oli bioinformatiikan tutkijana hyvä kanava pysyä ajan hermoilla uusista artikkeleista, ja kertoa omistani. Muskin haltuunoton jälkeen alamäki on ollut jyrkkä, ja useimmat kollegat ovat jättäneet palvelun kokonaan. Fiidiä dominoi nyt Trumpin mahtailut, Muskin meemeilyt ja Amerikan yleinen roskispalo. Konservatiivisten- ja oikeistomielipiteiden osuus […]
Osa 2: Helsingin Vihreiden ja Vasemmistoliiton eroista kuntavaaleissa 2025
Vihreät on Kokoomuksen puisto-osasto? Vasemmistoliitto ja Vihreät ovat melkein sama puolue? Piirsin kuvaajia havainnollistamaan Helsingin Kuntavaaliehdokkaiden 2025 samankaltaisuuksia Ylen Vaalikoneessa. Kuvissa Vasemmistoliiton ehdokkaat ovat punaisella, Vihreiden vihreällä ja Kokoomuksen sinisellä. Tekniset tiedot käytetyistä menetelmistä löytyvät postauksen lopusta. Vasemmistoliitto vastaan Vihreät Kuvaa saa isommaksi klikkaamalla sitä. Karkeasti ottaen, kaksi ehdokasta ovat sitä erilaisempia mitä korkeammalla heidät […]
Helsingin Vihreiden ja Vasemmistoliiton eroista kuntavaaleissa 2025
Latasin Ylen vaalikoneen julkisen rajapinnan kautta kaikki Helsingin Vihreiden ja Vasemmistoliiton kuntavaaliehdokkaiden vastaukset. Tämä data sisältää 120 Vihreiden ehdokasta ja 115 Vasemmistoliiton ehdokasta. Allaolevassa kuvassa on kaikkien ehdokkaiden kaikki vastaukset (klikkaa kuvaa isommaksi). Jokaisessa kysymyksessä on neljä vastausvaihtoehtoa, jotka ovat kuvan sarakkeissa vasemmalta oikealle: täysin eri mieltä, jokseenkin eri mieltä, jokseenkin samaa mieltä ja täysin […]
Book Review: Nuclear War – A Scenario
I think we can all agree that nuclear war would be bad. Annie Jacobsen’s new book lays out a fictional worst, worst case scenario in terrifying detail. A bolt-out-of-the-blue nuclear missile strike on the US, escalating into an all-out nuclear war between Russia and the US. The book gives a minute-by-minute timeline of how the […]
Lessons from studying Go with AI
I used to play a lot of Go around 2010-2016. I am not a very strong player however. My European rating is 2 kyu, which corresponds to a somewhat average club player in Finland. I remember that studying Go used to be difficult because there were no good computer programs to learn from. If you […]
Oura ring first impressions
My Oura ring arrived in the mail today. In this post I write about my first impressions with the ring. For those unfamiliar with Oura, it’s a piece of wearable electronics that costs about 300 euros and tracks things like your heart rate, body temperature and steps walked. You can view your statistics by using […]
Intuition on Polynomial Running Times
The quadratic function $f(n) = n^2$ is a common growth rate in computer science. How does it grow, intuitively? I’ve found it useful to think about the function in terms of what happens when you double the size of the input $n$. In the case of the quadratic function, doubling the input size always multiples […]
Predicting nucleotides in the E. coli genome
In this post I model the reference sequence U00096.3 of Escherichia coli strain K-12 using Markov models and simple neural networks. The goal is to try predict to the nucleotide in some position of the genome, given some number of preceding nucleotides as a context. Let’s start with some basic statistics. There are 4.6 million […]
Visualizing k-mer statistics of bacterial genomes
Let us start with a brief recap of the biology of gene expression. A genome is a string of nucleotides A, C, G and T. This string is the source code for proteins that the cell can produce. Proteins are strings of amino-acids, where the amino-acids are selected from a set of 20 naturally occurring […]